切片時將樣品放到樣品托上，使用包埋劑固定，放到冷臺上冷凍，在行將徹底冷透前用熱交換裝置壓平。將冷卻透的樣品放到樣品頭上，設置樣品頭溫度，用樣品快進按鈕將樣品移近刀口，調整要切的平面，使用慢進按鈕開 始修片，修好后即可放下防卷板切片，如有需求可調理防卷板的上下方位，使切出的樣品平整的進入防卷板與刀片的狹縫，取出后染色觀察。
當停機時，應將玻璃窗打開，再次開機前應先檢查切片機內是不是有水，如有應吹干后再開機，并取出隔板檢查切片機箱體底部是不是有水，如有需拔開底部的塞子，將水掃除，吹干后再開機。制止隨意亂接亂拉電線，防止水濺到電源上。
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